Billy Bat cuenta la historia de Kevin Yamagata, un autor de origen japonés nacido en Estados Unidos que se dedica a ilustrar historietas para la editorial Marble. Para ella, crea a un detective caricaturesco que resuelve crímenes, en un mundo habitado sólo por animales. Su nombre: Billy Bat, un murciélago de carácter frío, que siempre llega a la verdad en los asuntos donde mete el hocico. Pero, al parecer la idea del dibujo no es del todo suya.
Viajando por Japón, Kevin descubre que el murciélago que gestó no fue diseñado originalmente ni por él ni por el otro autor contemporáneo, sino que su creación se remonta a los orígenes del arte rupestre. Pero aquí no se acaban las sorpresas, detrás habrá misterios que incluso implican al mismísimo destino de la humanidad